Το 2008, στα 43 της, η Φώφη Γεννηματά, ήρθε αντιμέτωπη για πρώτη φορά με τον καρκίνο. Κάνοντας τακτικές εξετάσεις λόγω κληρονομικού ιστορικού εντοπίστηκε καρκίνος στον δεξιό μαστό. Στη συνέχεια υποβλήθηκε σε επιτυχή χειρουργική επέμβαση στο Νοσοκομείο Ερρίκος Ντυνάν. Αμέσως μετά ταξίδεψε στη Νέα Υόρκη και εισήχθη στο Νοσοκομείο Μεμόριαλ για να ακολουθήσει την κατάλληλη θεραπευτική αγωγή.

Η τελευταία περιπέτεια της υγείας της ήταν σύντομη καθώς η ασθένεια ήταν επιθετική μην αφήνοντας στους γιατρούς περιθώρια αντιμετώπισής της. Η Φώφη Γεννηματά αφήνει πίσω της τρία παιδιά.