Ο τότε δήμαρχος της Καλύμνου Δημήτρης Διακομιχάλης, θορυβημένος από το γεγονός ότι η Τουρκία εγείρει εδαφικές αξιώσεις στα Ίμια, ύψωσε την ελληνική σημαία στη Μικρή Ιμια στις 25 Ιανουαρίου 1996 συνοδευόμενος από τον αστυνομικό διευθυντή Καλύμνου Γ. Ριόλα και δύο κατοίκους του νησιού ενώ την επόμενη μέρα υψώθηκε η σημαία και στην άλλη βραχονησίδα.
Τα τουρκικά τηλεοπτικά κανάλια μετέδωσαν εικόνες με την ελληνική σημαία υψωμένη στα Ίμια, κάτι που προκάλεσε σάλο στην κοινή γνώμη της Τουρκίας. 
Δύο δημοσιογράφοι του γραφείου της εφημερίδας Χουριέτ στη Σμύρνη, μετέβησαν με ελικόπτερο στις 27 Ιανουαρίου στη Μικρή Ίμια, υπέστειλαν την ελληνική σημαία και ύψωσαν την τουρκική σημαία. 
Η όλη επιχείρηση των δημοσιογράφων βιντεοσκοπήθηκε και προβλήθηκε από το τηλεοπτικό κανάλι που ανήκει στη Χουριέτ. Το γεγονός αυτό πήρε σημαντικές διαστάσεις.
Η κρίση κλιμακώθηκε τις επόμενες μέρες. Την Κυριακή το πρωί στις 28 Ιανουαρίου 1996 το περιπολικό του Πολεμικού Ναυτικού “Αντωνίου” κατέβασε την τουρκική σημαία και ύψωσε την ελληνική παραβαίνοντας την πολιτική εντολή που ήταν μόνο να υποσταλεί η τούρκικη σημαία.
Το βράδυ Έλληνες βατραχάνθρωποι αποβιβάστηκαν στη Μικρή Ίμια από το περιπολικό “Πυρπολητής” προκειμένου να φυλάξουν τη σημαία κατά τις νυχτερινές ώρες και να επιστρέψουν στο σκάφος τους πριν την ανατολή του ηλίου. Το μεσημέρι της Δευτέρας ο σχεδιασμός άλλαξε και αποφασίστηκε η συνεχής φύλαξή της σημαίας, οπότε οι βατραχάνθρωποι επέστρεψαν στη βραχονησίδα.
Τη Δευτέρα το απόγευμα στις 29 Ιανουαρίου, ο νέος πρωθυπουργός Κώστας Σημίτης, στις προγραμματικές του δηλώσεις στη Βουλή, στέλνει μήνυμα προς την Τουρκία, ότι σε οποιαδήποτε πρόκληση η Ελλάδα θα αντιδράσει άμεσα και δυναμικά.
Την Τρίτη στις 30 Ιανουαρίου, η πρωθυπουργός της Τουρκίας Τανσού Τσιλέρ δηλώνει κατηγορηματικά μέσα στην Τουρκική βουλή ότι την επόμενη μέρα η ελληνική σημαία και ο ελληνικός στρατός θα απομακρυνθούν από τα Ίμια.
Στις 31 Ιανουαρίου και ώρα 01:40 Τουρκικές ειδικές δυνάμεις αποβιβάζονται στη Μεγάλη Ίμια (Δυτική). Στις 05:30 της ίδιας μέρας ελικόπτερο του Ελληνικού Πολεμικού Ναυτικού, που απονηώθηκε από τη φρεγάτα Ναυαρίνο για να διαπιστώσει την πληροφορία παρουσίας Τούρκων στη βραχονησίδα κατέπεσε κατά την επιστροφή του στη φρεγάτα και τα τρία μέλη του πληρώματος, ο υποπλοίαρχος Χριστόδουλος Καραθανάσης, ο υποπλοίαρχος Παναγιώτης Βλαχάκος και ο αρχικελευστής Έκτορας Γιαλοψός, σκοτώθηκαν.
Σχετικά με τις αιτίες πτώσης του ελικοπτέρου έχουν διατυπωθεί διάφορες απόψεις. Η επίσημη θέση του Πολεμικού Ναυτικού είναι ότι το ελικόπτερο κατέπεσε λόγω κακοκαιρίας και απώλειας προσανατολισμού του πιλότου (Vertigo).
Την θέση αυτή υποστήριξε πρόσφατα ο πρώην αρχηγός ΓΕΝ ναύαρχος Αντώνης Αντωνιάδης, αναφέροντας μάλιστα πως η τουρκική φρεγάτα Γιαβούζ προσφέρθηκε να βοηθήσει, αλλά πήρε άμεσα από τους πιλότους του ελικοπτέρου αρνητική απάντηση.
Ωστόσο, υπάρχει διαδεδομένη στην Ελλάδα η άποψη ότι το ελικόπτερο καταρρίφθηκε είτε από το Τουρκικό Ναυτικό είτε από τους τούρκους καταδρομείς που υπήρχαν πάνω στο νησί, και ότι η αληθινή αιτία της πτώσης αποκρύφτηκε προκειμένου να λήξει η κρίση και να μην οδηγηθούν οι δύο χώρες σε γενικευμένη σύρραξη ή ακόμα και σε πόλεμο.
Εκτόνωση της κρίσης
Κατά τη διάρκεια της κρίσης υπήρξαν έντονες πιέσεις από τις Ηνωμένες Πολιτείες προκειμένου να λήξει το επεισόδιο. Ο αμερικανός πρόεδρος Μπιλ Κλίντον ενημερώθηκε πρώτα από την Τούρκο πρωθυπουργό Τανσού Τσιλέρ πως Ελλάδα και Τουρκία ξεκινούν πόλεμο, επειδή δύο τούρκοι δημοσιογράφοι και κάποιοι έλληνες βαρκάρηδες συνεπλάκησαν σε έναν βράχο που κατοικούσε μία κατσίκα.
Ο διπλωμάτης Richard Holbrooke ενημερωμένος από τον αμερικανό πρόεδρο, επικοινώνησε τηλεφωνικά με τους δύο πρωθυπουργούς που δεσμεύτηκαν να αποσύρουν τις δυνάμεις τους και να υποστείλουν τις σημαίες. Τα πολεμικά σκάφη και οι καταδρομείς των δύο χωρών αποχώρησαν από τις βραχονησίδες το πρωί της 31ης Ιανουαρίου 1996 υπό την επίβλεψη αεροσκαφών του 6ου αμερικανικού στόλου της Μεσογείου.
Καθεστώς των νησιών
Τα Ίμια αποτελούν μία συστάδα νησίδων της Δωδεκανήσου. Αυτά εκχωρήθηκαν στην Ελλάδα μετά το τέλος του Β’ Παγκοσμίου Πολέμου σύμφωνα με το άρθρο 14 της Συνθήκης Ειρήνης των Παρισίων (10-12-1947) όπου η Ιταλία εκχώρησε στην Ελλάδα εν πλήρει κυριαρχία τις νήσους της Δωδεκανήσου απαριθμούμενες: Αστυπάλαια, Ρόδο, Χάλκη, Κάρπαθο, Κάσο, Τήλο, Νίσυρο, Κάλυμνο, Λέρο, Πάτμο, Λειψούς, Σύμη, Κω και Καστελόριζο ως και τις παρακείμενες νησίδες.
Σε προγενέστερη μάλιστα διμερή συνθήκη, του 1932, ανάμεσα στην Ιταλία και την Τουρκία τα Ίμια συμπεριλαμβάνονταν σε χάρτη με τα ιταλικά εδάφη. Αργότερα, καθώς όλες οι ιταλικές κτήσεις επί της Δωδεκανήσου πέρασαν στην ελληνική κυριότητα, ομοίως και τα Ίμια ενσωματώθηκαν στο ελληνικό κράτος. Το Τουρκικό κράτος είχε αποδεχτεί το καθεστώς επικυριαρχίας της Ελλάδας στα νησιά αυτά. Σύμφωνα με το άρθρο 189 του Κ.Δ.Ν.Δ. εντός των ελληνικών χωρικών υδάτων δικαίωμα για παροχή επιθαλάσσιας αρωγής δίδεται μόνο στα υπό ελληνική σημαία ρυμουλκά ή ναυαγοσωστικά.
